近年来，医院已获各级课题资助142项，包括国家自然科学基金、国家“十一五”科技支撑计划、卫生部科学研究基金——福建省卫生教育联合攻关项目、中国博士后基金等。获省部级、市各级科技进步奖7项，包括教育部科技进步一等奖、解放军科技进步二等奖、省科技进步二等奖等，并3次获得厦门市科技进步一等奖。发表SCI论文50余篇，主编或参编高等医学教材或专著20余部。

医院设有中心实验室，心脏介入研究室、高血压研究室、显微外科研究室、神经病学研究室、肿瘤研究室等20多个临床研究室。此外，与厦门大学共建“福建省神经系统疾病重点实验室”、“厦门市代谢性疾病重点实验室”等研究机构。2006年通过国家人事部审批，设立博士后工作站。

2009年，经卫生部和国家食品药品监督管理局批准，心血管、内分泌、神经内科、神经外科、肾病、风湿免疫、医学影像（核医学）、糖尿病等8个专业获得国家药物临床试验资格，第二批19个专业正在积极申报中。2010年，检验科通过国际标准ISO15189医学实验室质量与能力认可。

厦门市心血管病研究所、厦门市糖尿病研究所设在我院。神经内科与厦门大学生物医学研究院共建“福建省神经系统疾病重点实验室”，糖尿病研究所与厦门大学生物医学研究所共建“厦门市代谢性疾病重点实验室”。医院投资上千万元设备建成先进的中心实验室、心脏介入实验室、高血压研究室、肿瘤研究室等20多个临床实验室近两年获各级课题立项100余项，发表SCI论文40余篇，均居厦门市卫生系统首位其中国家自然科学基金1项，“十一五”国家科技支撑1项。三次获得厦门市科技进步一等奖，是厦门市获得科技进步一等奖唯一医疗卫生单位。心血管、内分泌、神级内科、神级外科、肾病、风湿免疫、医学影像（核医学）、中西医结合糖尿病等8个专业获得“药物临床试验机构”资格，成为福建地市级医院首家拥有该资格的医疗机构。

1991年皮肤科专家张益珠《波氏假性雾样真菌致皮肤肉芽肿—附电镜观察》获厦门市科技进步一等奖

2006年获得人事部批准设立博士后工作站，3位研究人员获得中国博士后科学基金面上资助。

2006年《肝门部胆管周围血管丛形态学改变对肝门部胆管及肝脏影响实验研究》获市科技进步一等奖

2008年《胃癌生长方式、临床病理特征的分子基础研究》获市科技进步一等奖

获得药物临床试验机构资格，成为福建省地市级医院首家拥有该项资格的医疗机构。