医院已建设省、市级科研平台35个，其中6个省级平台（三家福建省临床医学研究中心均获得国家临床医学研究中心福建分中心认定），获批23个市级科研平台，6个厦门大学院级研究所。获批厦门市唯一的细胞治疗研究中心，获批成立市首家临床医学研究院，获批首批省市级临床医学研究中心且获批数为厦门首位。已在国家局备案23个药物临床试验专业、37个医疗器械临床试验专业。获评2024年全国GCP机构药物临床试验量值排行榜综合医院榜第38名，福建省内排名第一。目前共获得国家、省、市级课题1279项立项，其中国家自然科学基金187项，国科金立项总数位居厦门市医疗系统首位。2023年，24项国科金立项数占据厦门市卫生系统的半壁江山以上，学术影响力不断提高。“抗肿瘤新药临床评价技术示范性平台”获国家科技重大专项课题立项，是省医疗机构首次获得的国家科技重大专项课题。共获各级各类科学技术奖92项，其中获市科技重大贡献奖2项，市科技进步一等奖9项，市科技创新杰出人才奖5项。2014年-2023年SCI论文数连续10年突破100篇，2020年SCI论文数首次突破200篇，目前单篇影响因子最高87.244。

医院自2006年设立福建省地市级医院首家博士后工作站，迄今已培养出站博士后69人，现有在站博士后27人。连续两届获评“国家优秀博士后科研工作站”，开展临床博士后培养复合型人才。2024年4月，经人力资源和社会保障部、全国博士后管委会办公室批准，厦门大学附属第一医院获批成为有独立招收资质的博士后科研工作站，人才培养与科技创新工作有望再创高峰。